O Museu foi erguido no píer de Mauá em meio a uma grande área verde. São cerca de 30 mil metros quadrados, com jardins, espelhos d’água, ciclovia e área de lazer. O prédio tem 15 mil m² e arquitetura sustentável.
O projeto do arquiteto espanhol Santiago Calatrava utiliza recursos naturais do local – como, por exemplo, a água da Baía de Guanabara, utilizada na climatização do interior do museu e reutilizada no espelho d´água.
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